Zbiory obejmują ponad 100 tys. muzealiów z różnych dziedzin kultury i sztuki, w tym wiele unikatowych w skali kraju i Europy kolekcji.
Szczególne miejsce zajmują: jedna z największych w kraju kolekcja ikon, kolekcja medali i numizmatów, kolekcja fajek i cygarniczek związana z działającym do dziś ośrodkiem fajkarskim w Przemyślu, zbiory z zakresu etnografii i sztuki odwołujące się do dziedzictwa kulturowego dawnych Kresów Wschodnich, a wśród nich kolekcja związana z Huculszczyzną, elementy wyposażenia lwowskiego laboratorium prof. Rudolfa Weigla – wynalazcy szczepionki przeciwko tyfusowi. Cenne są również zbiory biblioteczne liczące ponad 30 tys. woluminów, zawierające wiele bezcennych rękopisów i starodruków.
Wśród zgromadzonych zbiorów znalazły się także zabytki związane z kulturą żydowską. Kolekcja judaików liczy ponad 500 pozycji katalogowych, na które składają się obiekty używane w synagodze, elementy stroju i wyposażenia domu, przedmioty związane ze świętami żydowskimi, obrazy i rysunki o tematyce żydowskiej, archiwalia i fotografie.