Muzeum – Zespół Synagogalny we Włodawie to jedyne miejsce w Polsce, w którym na jednym placu znajdują się trzy zabytkowe pożydowskie budynki: dwie synagogi z XVIII w. i dom pokahalny z 1928 r. W Wielkiej Synagodze prezentowana jest stała wystawa judaików oraz wystawy odnoszące się do szeroko pojmowanej kultury żydowskiej. Tworzone są także wystawy związane tylko z historią Żydów zamieszkujących Włodawę i region. W Małej Synagodze prezentowane są wystawy o zróżnicowanej tematyce historycznej i etnograficznej regionu. Muzeum od ponad dwudziestu lat jest organizatorem Festiwalu Trzech Kultur, podczas którego prezentowane są wydarzenia artystyczne, warsztatowe, wystawowe i naukowe związane z kulturą żydowską, prawosławną i katolicką. Poprzez tego rodzaju działania stara się chronić pamięć o Żydach, którzy niegdyś stanowili trzon społeczny tego kresowego sztetlu.
W muzealnych zbiorach gromadzone są przedmioty związane z praktykami religijnymi (judaika), dzieła sztuki, zbiory historyczne i archiwalne. Główna kolekcja eksponatów jest prezentowana na wystawie stałej w Wielkiej Synagodze. Dokumentuje historię polskich Żydów od drugiej połowy XIX w. do dziś. W zbiorach znajdują się także pamiątki po Żydach włodawskich, które mają dla nas dużą wartość sentymentalną i poznawczą. Posiadamy także zbiór archiwalnych fotografii z okresu międzywojennego i okupacji niemieckiej, który przedstawia społeczność żydowską i jej dorobek materialny.