Kolekcja judaików to jeden z najcenniejszych zbiorów Muzeum, częściowo eksponowany w ramach jednej z kilku wystaw stałych, mający na celu przybliżenie przede wszystkim mieszkańcom kultury materialnej i duchowej społeczności, która do wybuchu II wojny światowej stanowiła ponad połowę ludności miasta. Tworzona od momentu powstania instytucji, wciąż sukcesywnie uzupełniana, liczy dziś ponad 200 obiektów. Trzon kolekcji stanowią przedmioty związane z kultem religijnym, zarówno sprawowanym w synagogach, jak i w domach, a jej dopełnieniem są przedmioty codziennego użytku, archiwalia i malarstwo, w obrębie którego wymienić można prace nie tylko twórców lokalnych, lecz także takich artystów jak Leon Lewkowicz czy Artur Markowicz.