Muzeum zachowuje, bada, chroni i udostępnia, a także upowszechnia bogate dziedzictwo materialne i duchowe minionych pokoleń. Zasadniczy trzon naszych zbiorów stanowią cenne pamiątki artystyczne, historyczne i etnograficzne, będące świadectwem kultury, historii i aspiracji mieszkańców Leszna i regionu. Złożyły się na nie – prócz współczesnych nabytków pozyskanych drogą darów i zakupów – zbiory zabezpieczone po II wojnie światowej w Składnicy Zabytków Instytutu Zachodniego w Lesznie, przekazy instytucji samorządowych oraz wywiezione przez hitlerowców argenteria i inne ruchomości z kościoła braci czeskich, rewindykowane w 1962 r. z terenu byłej Niemieckiej Republiki Demokratycznej. Do historycznych kolekcji obrazujących kulturę dawnego Leszna należą też m.in.: portrety trumienne szlachty kalwińskiej z kościoła św. Jana, portrety królów kurkowych – członków leszczyńskiego bractwa strzeleckiego z lat 1715–1936, dworskie wizerunki reprezentantów rodów Leszczyńskich, Sułkowskich i innych rodzin arystokratycznych i szlacheckich z regionu południowo-zachodniej Wielkopolski.
Obok tych historycznych zbiorów, będących dokumentacją stanu posiadania instytucji, wspólnot religijnych i domów mieszczańskich, Muzeum od początków swego istnienia gromadzi kolekcje artystyczne. Wiodące w naszych zbiorach są m.in.: kolekcja malarstwa polskiego o tematyce wiejskiej XIX-XX w. i malarstwa portretowego.
Kolekcja judaików liczy ok. 100 obiektów, obejmują one przedmioty kultu religijnego, malarstwo i grafikę oraz pamiątki historyczne związane z dziejami społeczności żydowskiej Wielkopolsce.